This repository has been archived by the owner on Jan 25, 2018. It is now read-only.
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 10
/
Dockerfile
95 lines (84 loc) · 4.97 KB
/
Dockerfile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
# Ü ÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜ
# Ü ÜÜÜÜÜÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÛÜ ° ÜÛ² Ü ÜÜÜÛÛÛßßßßßßÛÛÛÛÜ °
# ßßßßßßÛÛÛ² Ü ßÛÛÛ² ± ÛÛÛ² ÛÛÛ² ° ÛÛÛ² ±
# ÛÛÛ² ° ÛÛÛ² ß ÛÛÛ² ÛÛÛ² ß ÛÛÛ² ²
# ÜÜÜÜÜÜÜÛÛÛ²ÜÜÜÜÜÜÛÛÛ² ÜÜÛÛÛÛÛÛÛÛÛÜÜßßÛ²ÜÛÛÛÛÛÛÛÛÛ² ß
# ÛÛÛßßßßßÛÛÛ²ßßßßßßÛÛÛ²ßßßßßÛÛÛ²ßßßßßßßܲ Ü ÛÛÛ² Ü
# ßÜ ÛÛÛ² Ü ÛÛÛ² Ü ÛÛÛ² Ü ÛÛÛ² ² ÛÛÛ² ²
# ÛÛÛ² ² ÛÛÛ² ² ÛÛÛ² ² ÛÛÛ² ± ÛÛÛ² ±
# ÛÛÛ² ± ÛÛÛ² ± ÛÛÛ² ± ÛÛÛ² ° ÛÛÛ² °
# ÛÛÛ² ° ÛÛÛ² ° ÛÛÛ² ° ÛÛÛ² Ü ÛÛÛ² Ü
# ÜÛÛÛÛÜÜß ÜÛÛÛÛÜÜÜß ÛÛ² ÜÜÛÛÛÛÛÛß ÜÛÛÛÛÛÛßß
# Üßßßßßßßß Üßßßßßßß ßÛ ß ß [BROAD‘17]
# Ü ÜÜÜ ÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜ ÜÜÜ Ü
#
# ... Broad Institute of MIT and Harvard ‘17
#
# Proudly Present ...
#
# ÉÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍ»
# ÚÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ¿
# ³ ³
# ÀÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÙ
# ÈÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍÍͼ
# Released at [þþ:þþ] on [þþ/þþ/þþ]
# ÉÍÍÍÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ Ä ÄÄ Ä Ä ú Ä Ä ÄÄ Ä ÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÍÍÍ»
# ³ º
# ³ [Supplier : 0x00B1........] [Operating System : all.....] ³
# ³ [Packager : 0x00B1........] [Video : none....] ³
# ³ [Cracker : none..........] [Audio : none....] ³
# ³ [Protection : none..........] [Number of Disks : 1.......] ³
# ú [Type : Dockerfile....] [Rating : ........] ú
# ú ú
# ú ú
# ú Well, this is a little Dockerfile that have many functions ú
# ú for quantifying phenotypes...enjoy.... ú
# ú ú
# ú ú
# ³ ³
# ³ ³
# ³ ³
# ³ ³
# º º
# ÈÍÍÍÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄ Ä ÄÄ Ä Ä ú Ä Ä ÄÄ Ä ÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÄÍÍͼ
#
# Greets: ...
#
# mcquin
# purohit
#
# - [ BROAD‘17 ] -
# -0x00B1 [05/06/84]
FROM ubuntu:16.04
# Install CellProfiler dependencies
RUN apt-get -y update && \
apt-get -y install \
build-essential \
cython \
git \
libmysqlclient-dev \
libhdf5-dev \
libxml2-dev \
libxslt1-dev \
openjdk-8-jdk \
python-dev \
python-pip \
python-h5py \
python-matplotlib \
python-mysqldb \
python-scipy \
python-numpy \
python-wxgtk3.0 \
python-zmq
WORKDIR /usr/local/src
# Install CellProfiler
RUN git clone https://github.com/CellProfiler/CellProfiler.git
WORKDIR /usr/local/src/CellProfiler
ARG version=3.0.0
RUN git checkout tags/v$version
RUN pip install --editable .
# Fix init and zombie process reaping problems using s6 overlay
ADD https://github.com/just-containers/s6-overlay/releases/download/v1.11.0.1/s6-overlay-amd64.tar.gz /tmp/
RUN gunzip -c /tmp/s6-overlay-amd64.tar.gz | tar -xf - -C /
ENTRYPOINT ["/init", "cellprofiler"]
CMD ["--run", "--run-headless", "--help"]